El Manuscrit de mossén Gerra entrellaça la història d'un amor secret i apassionat amb l'epopeia d'un poble lliure que s'esforça a defensar la seua dignitat i la seua manera de viure contra l'ambició d'uns invasors ferotges, convençuts que són els únics posseïdors de la veritat.
Faustí Claver, narrador i protagonista involuntari d'aquesta aventura americana que va més enllà del viatge iniciàtic i de la paràbola de bon salvatge, pretén legitimar, amb la crònica d'uns fets que tingué la sort de viure, la memòria d'un passat il·lusori que, sens dubte, hauria estat molt més digne que el passat vertader.