La segunda sede local de Nerv en Norteamérica ha desaparecido y el EVA que queda, el tercer prototipo, es encomendado a Nerv.
El cuarto niño que eligen como piloto resulta ser un amigo de Shinji, Touji Suzuhara. A pesar de que él se ocupa de las condiciones del tratamiento médico de su hermana pequeña, le confiesa a Shinji el terror que le produce pilotar un EVA. Embargado por sentimientos conflictivos, lo único que Shinji puede hacer es alentarle. Entonces, ocurre una anomalía en plena prueba de arranque. Shinji y los demás hacen una salida, pero el apóstol al que atacan se hace con el tercer prototipo. Shinji no puede atacar al tercer prototipo, puesto que lo está pilotando Touji, y Gendoh, al darse cuenta, cambia al sistema dummy plug. El primer prototipo empieza el ataque y, aunque Shinji intenta desesperadamente detenerlo, el ataque continúa implacablemente. Por fin, ante los ojos de Shinji, aplasta la carlinga en la que va Touji y tanto el tercer prototipo como Touji caen en un silencio absoluto...
